Second generation sequencer (例如 selexa) 出来後，因为资料 量太大，传统 alignment 工具不敷使用，就产生了新需求 发现了新工具，蛮适合 align read to full genomes http://bowtie-bio.sourceforge.net/ 速度非常快！不过也只适合 match < 50 bp 的 sequence (我没验证，只是听说，有可能是程式限制) 这边有一些讨论。 http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=706&highlight=bowtie 这是节录上面连结的「见证」 "I recently used Bowtie on my own 4-core, 2 GB desktop to align 14.3x coverage worth of Illumina/Solexa reads from the 1000-Genomes project to the human genome in a single overnight (14 hours)" 恐怖的速度！！技术是 Burrows-Wheeler transform http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows-Wheeler (没研究，不要问我，我只是传递消息，懂的人来讲解一下 XD) --

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