※ 引述《auymle (.....)》之铭言： : ※ 引述《leondemon (狗狗)》之铭言： : : 请问一下要某一细菌或古细菌的基因体序列（genome sequence) : : 那要预测有多少基因「确实存在」 哪个生资软体的正确率比较高？ : : 目前我知道的有GLIMMER 它标榜着有97~98%的预测准确度 : : 请问一下还有哪些类似的优秀软体呢？ : 我对这个领域比较不熟 : 但我知道有几篇prediction method的比较 : A brief review of computational gene prediction methods.(2004) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15901250 : Computational approaches to gene prediction (2006) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16728949 : Comparative genomics as a tool for gene discovery (2006) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16459073 : 其实目前没有一个比较好的工具 : 而且他们宣称的准确度其实都是by case : 所以用到其他的organism上是否一样有这麽好的结果 : 应该会有很大的疑问 : 如果是我要做gene predction : 我会使用多个大家比较推荐的工具 : 再去寻找不同工具间的intersection : 如果大家有不同的观点可以提出来讨论讨论 FGENESH (Fgenesh predicted results were used as default working gene models in the automated annotation) Genemark.hmm (rice) Genscan (Maize) Genscan+ (Arabidopsis) GeneSplicer, to predict exon/intron splicing sites tRNAscan-SE, to predict tRNA 这些多半是用在植物的 --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) ◆ From: 140.138.155.182