作者hgsfhevil (evil)
看板BioMedInfo
标题Re: [程式] 关於R-cluster的input file 所接受的格式
时间Tue Dec 2 22:01:22 2008
※ 引述《hgsfhevil (evil)》之铭言：
: 标题: [程式] 关於R-cluster的input file 所接受的格式
: 时间: Tue Dec 2 16:39:25 2008
:
: 我已经下载R的套件(包含cluster),并且已经安装设定
: 但是我想知道cluster这个套件所接受的输入格式是什麽,ex: fasta格式还是其他的?
: 所以想请问大家cluster这个套件,他所接受的input format是?
:
: 此外,下面网址是关於(R)cluster文章,但是里面没提到它input format,我也用过help.search("cluster"),里面也没提到,所以上来问一下大家
: http://www.statmethods.net/advstats/cluster.html
:
:
: --
:
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
: ◆ From: 140.138.155.193
: 推 auymle:这支是做hierarchical clustering的耶, 不是做seq cluster 12/02 16:56
: → auymle:所以input是数值资料, 不是序列资料 12/02 16:57
我目前的作法是将1)输入fasta档案到clustalw,2)做Multiple Alignments产生guide tree file(*.dnd),
3)使用Phylogenetic trees这个选项输出tree的格式(Toggle Phylip format tree output),产出*.ph
4)之後将*.ph输入到phyloDraw产生图档
不过我大概知道如何做
谢谢你
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.138.155.182
1F：→ hgsfhevil:数值资料要如何产生? 12/02 23:25
2F：→ hgsfhevil:我的意思是如何由序列资料转换成数据资料 12/02 23:29
4F：→ hajimels:但是title: MSA with hierarchical clustering 12/03 00:18
5F：→ hajimels:我google的keywords是: hierarchical cluster, sequence 12/03 00:20
6F：→ hajimels:我给连结为google的第一笔资料 其实还有别的algorithms 12/03 00:20
7F：→ hgsfhevil:感谢你提供关键字给我,此外我想知道数据资料是csv格式吗 12/03 11:21
8F：推 huggie:你要比什麽，就要给他什麽资料 你cluster的目的是? 12/03 11:22
9F：→ hgsfhevil:我要将我预测出来的hexamer(6nt)序列根据dissimilarity 12/03 11:54
10F：→ hgsfhevil:matrix(已经aligne过了)去执行average linkage 12/03 11:55
11F：→ hgsfhevil:hierarchical clustering 12/03 11:56
12F：→ hgsfhevil:其实我发问目的只是想知道R的cluster接受的input format 12/03 12:48
13F：→ hgsfhevil:而已,最终目的当然是将一群序列作cluster,只是我只知道R 12/03 12:51
14F：→ hgsfhevil:blastclust,cd-hit,clustalw这些方法,目前最想知道如何 12/03 12:52
15F：→ hgsfhevil:R如何cluster,但是我不知道他接受怎样的格式,和指令 12/03 12:53