※ 引述《sicaa (西卡)》之铭言： 首先 你现在的问题先定义一下 你希望检查你的PROTEIN是否有很多的free cysteine residue 在定义一下free cysteine residue是属於蛋白质中未形成disulfide bond的Cys 所以反过来思考 其实要找的不是free cysteine的database 而是disulfide bond的databse 当然如果是我 我会先去RCSB看一看有没有已知或是类似的结构 没有的话 再去做序列分析找出有没有类似的序列被研究出有多少disulfide bond 再不行就死马当活马医 找那些做预测的网站 丢进去试试看 以上意见 仅供参考 如有错误 烦请赐教 : 我的硕士班研究是在protein protein interaction这一块， : 但最近注意到我的sample很容易有aggregate或degrade的情形， : 日前有找专门做proteomics的老师讨论过， : 老师问我的蛋白有没有很多free cysteine residue（他建议我使用DTT、urea看看） : 我手边有该蛋白质的序列，目前发表过的文献仅指出它有HTH motif : 所以我这几天爬了文，在swiss prot、EMBOSS等网站摸索好久， : 使用GDAP分析AA sequence→没有结果， : 直接browse GDAP内的predictions也没有我的蛋白 : ExPASy ProtParam的结果→Cys (C) 10 3.6%（这样算多吗？） : motif scan（用了两种方式）→有看到ASN_GLYCOSYLATION、CK2_PHOSPHO_SITE、 : 　　　　　　　　　　　　　　MYRISTYL、PKC_PHOSPHO_SITE : 其他还有很多结果是no hit之类的，不知道是不是因为我选错database？ : （我是做链球菌的） : 除了设计primer、blast看定序结果外，这算是我第一次接触这麽多生物资讯类工具 : 不知道还有没有什麽是我遗漏，或是该注意的呢？ : 抱歉我是新手，所以问的东西有点乱七八糟...orz --

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