作者hgsfhevil (evil)
看板BioMedInfo
标题Re: [程式] 如何利用bioperl去将blastp所得到的结果做分群
时间Sun Aug 17 21:37:41 2008
※ 引述《hgsfhevil (evil)》之铭言：
: 如题
: 我知道很多程式可以处理cluster例如:blastclust 和 cd-hit
: 但是我想要直接从blastp产生的输出格式,直接去做分群
: 我已经安装好bioperl了
: @@有一个厚脸皮请求
: 可以请有经验的人直接写出来给我看吗
: 小弟以前只用c++
: 希望根据有经验的人写的程式,顺便学习怎麽写perl
: 麻烦大家了
这是我在书上看到范例
#! /usr/bin/perl -w
use strict;
use Bio::SearchIO;
my $blast = new Bio::SearchIO(-format => 'blast',-file => $ARGV[0]);
my %Name;
my $result=$blast->next_result;
while(my $sbjct = $result->next_hit)
{
while(my $hsp = $sbjct->next_hsp)
{
$Name{$sbjct->name} = 1 if $hsp->frac_identical >= 0.0;
}
}
print join("\t", sort keys %Name) , "\n";
但是,他无法重复做分群的动作,该怎麽修改?
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◆ From: 140.138.155.221