※ 引述《hgsfhevil (evil)》之铭言： : ※ 引述《wscrush (请详细填写个人资料)》之铭言： : : 想请问各位板友们有接触过生物晶片资料吗? 我第一次接到这样的题目 : : 因为没有足够的背景知识，加上市面上也找不到"第一次分析生物晶片就上手" : : "企鹅也会的生物晶片分析"这类的参考书，让我深感苦手~"~a，还请各位解惑 : : Q1:我发现很多资料格式中都有Gene Description、Gene Accession Number这两栏 : : 请问这两栏的意义为何?字面上看来我能理解意思是基因的描述与编号，但又看 : : 回资料本身(如下所示)，实在难体会其中奥义@.@，加上缩写繁多，不知有类似 : : 缩写的查询方式吗? : : ---------------------------------------------------------------------- : : Gene Description Gene Accession Number : : AFFX-BioB-5_at (endogenous control) AFFX-BioB-5_at : : AFFX-BioB-M_at (endogenous control) AFFX-BioB-M_at : : AFFX-BioB-3_at (endogenous control) AFFX-BioB-3_at : : AFFX-BioC-5_at (endogenous control) AFFX-BioC-5_at : : ----------------------------------------------------------------------- : : Q2:生物晶片的paper会提到，其正规化方式是用log transfrome或是将mean值调整到0 : : 等等...，我想请问网站上所载到的raw data，是已正规化後的吗，亦或是我们要 : : 自己处理? : : Q3:如果我想找某个疾病的marker genes或显着gene，我该到哪里找寻?关键字如何下 : : 比较好?同样的基因是否有不同的名称、缩写? : : 一下子打扰这麽多问题实在很不好意思~也感谢各位版友耐心看完与解答 <(_ _)> : Q1 : Accession Number 目前我的理解是方便用来寻找的index,这是每个资料库自己内定的(你那应该不是ncbi出来的) : Gene Description 应该只是描述这条序列是什麽, : Q2 : raw data 要看你的目的需求是什麽,不一定对方正规化後,你就不用在正规化一次 : Q3 : ncbi多多利用吧,google school也可 : 同样的基因只有一个id,但是因为有不同转录产物,所以可能有不同mRNA名称 : 而且,每个实验室可能会找到类似的东西,所以当序列送入资料库时 : 通常会作序列比对,如果没人发现,才会放入新的群组 很感谢您的解惑^^! 还想请教一下 1.请问Q2的回答意思是，在网路上载下的raw data便是"已经"正规化过後的罗? 2.请问如果我所下的关键字为 [Leukemia marker genes]或是[Leukemia significant genes] 是否可以? 是在PubMed资料库查吗? 如果是我就必须从所有的论文资料 中去找出有与疾病关系的基因是吗? 3.我利用google查询和血癌有关的基因时，在一网站中得到以下资讯 ----------------------------------------------------------- Type of Leukemia Gene Name Acute Lymphoblastic MLLT2, MYC, ZNFN1A1,LAF4 . . . . . . ----------------------------------------------------------- 其中MLLT2、MYC...这些是所谓的基因名称，但我回头在下载的晶片资料(格式如前述) 中的Gene Description栏位找这些基因，却遍寻不着 T.Ta，请问我这样寻找的方式正 确吗? 再次感谢版友们的热心指教 ^^!! --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) ◆ From: 203.64.84.82