课程名称：Accelrys/Pipeline Pilot应用模组介绍与使用操作 上课地点：财团法人国家实验研究院国家高速网路与计算中心/ 竹科B 教室 上课时间：2008/08/07 (四) ～ 2008/08/08 (五) AM09:30PM~16:30 上课总天数：2 天，共计 12 个小时 报名费用：一般人士/2,000元 ; 学生/1,000元 课程介绍：Accelrys/Pipeline Pilot应用模组介绍与使用操作： Generic GCG modules and components Data Workflow Application 报名网页：https://edu.nchc.org.tw/ 软体说明：http://accelrys.com/products/scitegic/ ------------------------------------------------------------------------------------------------------- Pipeline Pilot 系统特色：这是一套高速资料分析系统，因应了现代生物资讯研究者的 需求与延展性，利用功能组件(Functional Component)的组合与串联，它结合了自动化的 数值运算、资料数值输出、3D结构的立体呈现，更惊人的为Pipeline Pilot能结合他厂所 提供的软体功能使其相容，让研究人员能针对自己的需求，更精准与适切地利用模拟工具 达成研究结果的预测及缩短研发时程。 举例而言，由研究人员到资料库去搜寻有兴趣之化学结构之後，一般必须将所搜寻的相关 结构加以存档，存取适当的结构格式将之导入另一套软体中进行结构模拟，另一头若正进 行高速筛选(High Throughput Screening，HTS)的实验时则亦需於高速筛选自动装置下将 各小分子结构作结构构行分析与运算、各项运算子(Descriptors)迨结构构行逐一手动计 算後，再进一步逐一键入活性资料对应各小分子，此时将结构资料输入Rational Drug Design 软体进行pharmacophore的产生，再将化学资料库搜寻而来的结构资料与HTS的活 性资料至化学讯息类软体(Cheminformatic Software)中进行比对分析，如无合适的New Lead Compounds被搜寻到，导入各类型的结构资料库作为新药开发仍续继续被执行以其先 新骨干的小分子以利进行活性测试。这类型的问题亦即是我们所面对传统型 (Conventional Predictive Modeling Technologies)预测软体独立执行运算及提供独立 结果常会碰到资料转换、规律性操作(Routine Processing)费时以及功能无法整合的基本 架构问题。 传统型独立软体无法解决的瓶颈，透过Pipeline Pilot 的中介软体(Middleware)的连结 与沟通，经由流程的设计与协定(Protocol)设计完整的将各式资料、结构、图档、搜寻引 擎、计算引擎导入於单一平台上进行各项应用的执行，快速架接开发研究的起始资料与研 究结果。 Pipeline Pilot系统架构介绍：Pipeline Pilot 的基本平台主要是一个资料分析（Data Analysis）与资料采集（Data Mining）系统，应用范围相当广泛，使用者一经架接所需 的应用功能（In Pipeline Pilot 称之为Components Collection），就能执行经由 Functional components组合的一连串的即时的运算与分析，这是为因应现今对於讯息分 析的大量需求所产生的系统，使用者本身可以拥有各式各样的计算、分析、视觉化（ Visualizing）工具与计算引擎（Engines）进入Pipeline Pilot 的开放平台成为此系统 的Functional Components，组合客制化（Customized）与自动化（Automated）资料分析 串流（Data Analysis Pipelines）成为一个协定（Protocol），这个协定（Protocol） 会将一般软体所无法达到的复杂多样的计算即时地完成；计算分析与资料处理也不再仅限 於传统资料系统的几个输出报表，Pipeline Pilot可以接收相当异质性的资料来源，甚至 在某一些架接组态时询问使用者其衍伸性与其他已完成的资讯是否须导入等问题；在针对 资料结果的开放与分享上，Pipeline Pilot利用其“Web Services Package”来提供资料 处理（Data Processing）与分析协定（Ananlysis Protocol），简易的设定让使用者仅 需针对可进入读取者、可利用此协定(Protocols and pipes)者作定义即可。 目前Pipeline Pilot所拥有之应用功能（Components Collection）分列如下： ☆ Sequence Analysis Collection ☆ R Statistics Collection ☆ Modeling Collection ☆ Chemistry Collection ☆ ADMET Collection ☆ Decision Trees Collection ☆ Imaging Component Collection ☆ Integration Collection ☆ Reporting Collection ☆ Text Analytics Collection ☆ SDK’s （Software Development Kits） ☆ Web Services Collection --

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