作者hajimels (阿一)
看板BioMedInfo
标题[问题] 有关Ka/Ka ratio的问题 >"<
时间Thu Jul 10 16:51:47 2008
最近开始接触comparative genomics
目前在玩Ka/ks ratio
试过PAML (
http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html#introduction )
搞了很久.. 搞不定
後来发现Bioperl也能做 自己coding完 还是有问题=.=
最後我选择了这个 Selection (
http://selecton.tau.ac.il/overview.html )
不知道有没有板友有类似经验的呢?
我今天想做的是protein A
从低等到高等物种中 到几是哪个物种X->物种Y 产了positive selection
希望大家讨论一下罗~
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★ミ ζ
○_.
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3F：推 realism:我最近也在弄ka/ks 用PAML 你有试过他的范例吗 07/25 16:57
4F：→ hajimels:我後来就只用selection来完成 范列我有试 倒是没问题.. 07/29 01:31
5F：→ hajimels:但我确定格式没问题 一换成我的seq就不行了 >"< 07/29 01:32
6F：→ hajimels:不过我後来这部分暂停了 最近在分析1X片的array... 07/29 01:32