作者auymle (.....)
看板BioMedInfo
标题Re: [讨论] 预测ESEs的方式
时间Tue Jun 17 11:29:00 2008
※ 引述《hgsfhevil (evil)》之铭言：
: ...(略)...
: : 你既然都可以去得到这些motif
: : 你要算这些nt的频率应该没有什麽困难的
: : 但我认为这样可能没有办法提供什麽有用的证据
: : 我有一些想法你可以参考看看
: : 由於目前splice的过程有几个功能比较清楚的protein
: : 例如SF2, SC35, SRp40, SRp55等
: : 这些protein的ESE matrix已经建立出来了
: : 虽然这是在mammalian上的protein
: : 我不确定在植物上是否也有类似的机制
: : 如果植物上也有类似的机制的话
: : 那我们也许可以拿来当作证据
: : 你可以先针对你预测到的ESE做cluster<==请问,有什麽软体可以做motif的cluster
: ...(略)...
试试看这个 MATLIGN
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/8/189
另外还有一篇
http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.1000010
我没仔细看 不知道有没有release code出来
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.151.4