作者windincloud (云淡风轻)
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标题Re: [问题] 请问版上高手 蛋白质预测的问题
时间Mon Jun 16 15:53:17 2008
其实也不是不太可能
看你如何去用你所知的工具
像在蛋白质结构预测的部份
我们除了可利用区域比对的方式之外 还可以使用像是machine learning去做
这部份的话在预测上可以达到80%以上的准确率
它的原始概念类似
假设今天某一条序列中的一个AA是某种结构，则在他附近的邻居(AA)也会是那种结构
就好像今天有一群学生里面我随机抽一个学生出来预测是哪一个年级
我可以先问问其他的同学他们是哪个年级进而猜出我选到的这学生是哪一个年级
要是您对这方面有兴趣的话
可以下一些关键字像是protein secondary prediction SVM HMM KNN ......等
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检附一个蛋白质二级结构预测的paper
Prediction of protein secondary structure at 80% accuracy,
Thomas Nordahl Petersen, et. cl, 2000.
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.138.155.216
1F：推 liturtle:我要发问~ 不过如果是要预测 那应该连邻居都不知道了吧 06/16 16:16
2F：→ liturtle:另外 就算用统计方法预测出二级 难度跟预测三级有差吧? 06/16 16:18
这边回你一下
其实不会连邻居都不知道呀~
我们所下载的DATABASE是由PDB载下来的
PDB可以下载到两种格式一个是PDB 另一个是fasta
我们可以由下载的PDB上每一个原子位置计算出适合种结构
(结构是由X光绕射或是核磁共振所得)
顺便给你一篇
http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/
这边有当初定义怎样计算的文章及工具dssp
不过话说dssp有一些小问题(Disorder的问题)
不过基本上利用这个工具可以定义出至少7种的结构
然後再来就划分成一般我们所知的3种结构 α β coil
我们一般答案都是这样来的 :)
至於第二个问题
要预测出三级结构的确距离还满遥远的
不过不能说三级难预测就不预测二级结构对吧~
要是二级结构预测OK或许三级结构就会较好的解决方式
不是吗? :)
※ 编辑: windincloud 来自: 140.138.155.216 (06/16 16:36)