※ 引述《acme970 (acme)》之铭言： : Sequence Alignment : ‧ Sequence based similarity alignment : ‧ : Structure based similarly alignment : 这两种不同的方法 所用的原理差异在哪 : structure 基本上还是由sequence决定的???? : 感谢版上高手解答~~~ 如果您指的是蛋白质结构的话 '预测'这件事情是不大可能 现在能做到的就是'搜寻比对'出相似结构 基本上相似的sequence比较容易有相似的structure(但也不是绝对) 不过相似的structure却很常没有相似的sequence " During evolution, three-dimensional (3D) structures are more conserved than amino acid sequences [1], and protein homologs that share highly conserved 3D structures may have unrecognizable sequence homology [2]." 而 Sequence based similarity alignment 就是比较单纯地用胺基酸序列去做比对 特徵是快速(因为是一维比对 data量不大) 而不够准确(因为序列不像但是结构像的用这方法通常找不到) "Amino acid sequence search tools are fast; however, they have proven to be insufficient for detection of remote homology in structural databases [3]." Structure based similarly alignment 则是用比较庞大的三维资料量 例如每个分子的座标轴 之间的向量 所以优点是可以侦测到序列不像但结构像的(也就是比较准) 缺点就是很慢很慢(因为要比对的资料量很大) "References 1. Chothia C, Lesk AM: The relation between the divergence of sequence and structure in proteins. Embo J 1986, 5(4):823-826. 2. Murzin AG: How far divergent evolution goes in proteins. Curr Opin Struct Biol 1998, 8(3):380-387. 3. Sauder JM, Arthur JW, Dunbrack RL, Jr.: Large-scale comparison of protein sequence alignment algorithms with structure alignments. Proteins 2000, 40(1):6-22." 以上""符号内文章皆节录於 Lo WC, Huang PJ, Chang CH, Lyu PC: Protein structural similarity search by Ramachandran codes. BMC Bioinformatics 2007, 8:307. (学长发的 我们LAB正努力做出快又有效的蛋白质结构比对软体) -- 曾经有一碗热腾腾又好吃的叉烧饭摆在我面前 我却没有去吃她 直到吃不到了才感到後悔莫及 如果能有一个机会让我在遇到她 我一定会.吃.光.光. http://www.wretch.cc/blog/kyo0059 --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) ◆ From: 123.195.16.254 ※ 编辑: liturtle 来自: 123.195.16.254 (06/14 19:22) ※ 编辑: liturtle 来自: 123.195.16.254 (06/14 19:31)