作者hgsfhevil (evil)
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标题Re: [讨论] 预测ESEs的方式
时间Wed Jun 11 10:21:56 2008
这题目是预测,但是,不需要用到那麽复杂工具ex:svm or HMM
候选的exonic splicing enhancer(ESE) motif,我把它长度设为6nt(hexamer)
其实,主要有两个重要属性(由以往实验验证所推论)
(1)
ESE motif 出现在exon的频率,会比在intron高
(2)
ESE motif 出现在exon with weak splice site,会比在exon with strong splice site高
因此,我要统计hexamer在exon,intron,exon with weak splice site,exon with strong
splice site 出现的次数,之後,根据上述两个属性,去做处理
我的目的是确认产生出来的结果是对的吗?
但是,我的结果可以预测出大量的候选ESE motif,当然,程式方面一直有在验证
因此,我想了解一些日本型水稻的相关生物资讯,例如:水稻转录体A,T,C,G的比例,或是
exon,intron,A,T,C,G各自比例,从大家提供的资讯,来判断我的结果是否正确
>""<毕竟,水稻ESE motif 没有实验验证出来的结果,我无法确认我的结果阿
ps:我昨天才会推文,看到大家意见,我才发现,大家误解我的意思
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