作者auymle (.....)
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标题Re: [问题] 有没有程式可以从distance matrix作tree
时间Tue Jun 10 11:42:20 2008
※ 引述《starcloud (伤心吗?)》之铭言：
: ※ 引述《afra33 (豆豆)》之铭言：
: : 现在手上已经有distance matrix了
: : 不知道有没有什麽程式可以从distance matrix
: : 去做出phylogeny tree?
: : 我试过phylip的 NEIGHBOR
: : 不过...她的结果我觉得有点奇怪，
: : (更重要的是他的output很丑....)
: : 因为不常用phylip目前还不知道是什麽问题
: : 想请问各位大大
: : 除了neighbor之外还有没有什麽程式可以做呢？
: MATLAB 是很好用的数学工具
: 他有许多Cluster的方法
: 你可以试试看用 hierarchical clustering
: 来处理
我介绍一个工具好了
是中研院统计所老师所开发出来的工具
叫做GAP (Generalized Associated Plots)
网址在这
http://gap.stat.sinica.edu.tw/Software/GAP/
虽然还只是beta版本
但是该有的功能都有了
虽然还有一些不人性化的地方
例如档案输出的部分还没有很好
所以我图大部分都是用print screen的方式弄出来
如果不知道该怎麽用
或者出来的图不知道怎麽解读的话
可以再问我
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.151.4
※ 编辑: auymle 来自: 140.129.151.4 (06/10 11:49)
1F：→ afra33:^^ 谢谢 那我来研究看看 ^^ 06/10 12:01
2F：推 huggie:看起来很漂亮呀~ 06/10 12:27
3F：推 hajimels:Dr. Han-Ming Wu <-以前上过他的暑假课程 06/10 12:30
4F：推 Zing119:上过课+1 06/10 12:59
5F：推 body:喔喔，真是模范推广解说员阿～ XDD 06/12 16:07