Literature mining部分，除了iHOP，近几年也有相当多相关的研究 列出一些最近看到的，提供给hajimels参考～ 如果还有其他的，我再慢慢补上 :) 2008 BIOSMILE (除了词性，运用了一些语意技术在内) http://bioservices.cse.yzu.edu.tw/BWS/ 2008 PIE http://bi.snu.ac.kr/pie/ 2006 biocontrasts http://biocontrasts.biopathway.org./ 2006 RLIMSP (寻找有关protein Phosphorylation 的文章) http://pir.georgetown.edu/pirwww/iprolink/rlimsp.shtml 除了以上比较明确的tools 其实也有相关的比赛，有兴趣可以去参考一下参赛者他们的原理， 然後看看他们是否有release相关的工具 http://biocreative.sourceforge.net/biocreative_2_ppi.html 相关文章 Mining literature for systems biology http://bib.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/7/4/399 Literature mining for the biologist: from information retrieval to biological discovery. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16418747?dopt=Abstract ※ 引述《realism ()》之铭言： : 也可以试试看text-mining导向的PPI database 如:iHOP : http://www.ihop-net.org/UniPub/iHOP/ 他会直接去抓paper里头的名词跟动词 : 或许可以缩小你搜索的范围 : ※ 引述《hajimels (阿一)》之铭言： : : 我刚有看到推文中有提到HPRD，它的确是一个解决方案 : : 不过我在这边另外可以再提供一个网站 : : APID2NET (http://bioinfow.dep.usal.es/apid/apid2net.html) : : 它收集的databases及species可以在左侧 "Statistics" 这边看到 : : 简单一点的搜询方法(建议) : : 先至Swisspro找到你有兴趣gene转译出来的Protein ID : : (e.g. 原po想找的p38 = MK14_HUMAN ) : : 再来点左侧 "Search"後，输入Protein ID : : Results将以table方式呈现，第二个Column为Interaction的数目，点数字可看details : : 其中 就有 MK14_HUMAN - ATF2_HUMAN的关系了 : : EXPERIMENTS那个column里的数字便是references，点进去就是你要的paper了 : : Pathway: http://www.genome.jp/dbget-bin/show_pathway?hsa04010+1432 (KEGG) : : p.s. 若是在本板有在玩Cytoscape的板友可以安装他的plugin : : 可以轻松的search并把有兴趣的PPI呈现出来 --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) ◆ From: 220.137.47.115