※ 引述《huggie (huggie)》之铭言： : ※ [本文转录自 Biotech 看板] : 作者: sweetE (sweetE) 看板: Biotech : 标题: [求救]如何有效寻找两个已知蛋白interaction的文献 : 时间: Sun Jun 8 14:16:39 2008 : 由於要预测 A蛋白是否会与"p38" interaction : 得先蒐集所有已知 p38 interaction protein分别与p38作用的位置 : 再去分析A蛋白与p38作用的可能性 : 所以必须找到这些已经发表过的论文 : 不过与p38 interaction的蛋白蛮多的 : 而在找寻这些论文 有些困难 : 关键字如果打 p38 ; interaction 也找不太到 : (可能内文用词不是用interaction;也可能是在讲别的protein interaction) : 如果先利用database 查询哪些蛋白会与p38 interaction 例如有ATF-2 : 找PAPER的时候 关键字我就打 p38 ; ATF-2 : 则会出现一些证明他们是同一个pathway的 找不到直接证明有interaction的paper : 由於ATF-2是p38的substrate : 於是我在关键字打了 p38 ; ATF-2 ; substrate : 可能会找到证明他们会binding的paper : 结果也没有~ : 有没有达人 可以教我如何有效率的找到这些paper!!!!!!! : Help!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 我刚有看到推文中有提到HPRD，它的确是一个解决方案 不过我在这边另外可以再提供一个网站 APID2NET (http://bioinfow.dep.usal.es/apid/apid2net.html) 它收集的databases及species可以在左侧 "Statistics" 这边看到 简单一点的搜询方法(建议) 先至Swisspro找到你有兴趣gene转译出来的Protein ID (e.g. 原po想找的p38 = MK14_HUMAN ) 再来点左侧 "Search"後，输入Protein ID Results将以table方式呈现，第二个Column为Interaction的数目，点数字可看details 其中 就有 MK14_HUMAN - ATF2_HUMAN的关系了 EXPERIMENTS那个column里的数字便是references，点进去就是你要的paper了 Pathway: http://www.genome.jp/dbget-bin/show_pathway?hsa04010+1432 (KEGG) p.s. 若是在本板有在玩Cytoscape的板友可以安装他的plugin 可以轻松的search并把有兴趣的PPI呈现出来 -- ★ミ ζ ○_. /(╯ 【今晚的天空有一颗流星划过 在预言着什麽】|> --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) ◆ From: 163.25.118.137 ※ 编辑: hajimels 来自: 163.25.118.137 (06/08 20:51) ※ 编辑: hajimels 来自: 163.25.118.137 (06/09 11:58)