作者realism ()
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标题Re: [问题] 想找那些蛋白质有特定的motif
时间Wed Jun 4 09:49:00 2008
我想这麽短的motif 应该会配合上其他的feature吧 比如说旁边另外有
coiled coil, signal pepetide, TM motif之类的 配合着找可能比较好喔 ^^
※ 引述《cot123 (cot)》之铭言：
: ※ 引述《HAVEaCAT (有只猫)》之铭言：
: : 就是... 如果我知道一段 短短的motif 只有4个胺基酸
: : 不过其中2个胺基酸是随机的 例如 XTXV (X是都可以的氨基酸)
: : 我本来想利用blast找 可是发现好像不能这样用
: : 那我还有甚麽方法可以 在database中 寻找所有带有这一小段motif的蛋白质呢??
: : 会有motif太短 找不到的问题吗
: : 麻烦大家了 谢谢:)
: 可以试试EMBOSS里面的fuzzpro
: http://www.bioinfo.hku.hk/EMBOSS/
: 在左边选单的protein motifs这一个分类下
: 贴上sequences 把pattern也打上 如你的情况就是 XTXV
: pattern怎麽写请参照说明文件
: http://bioinfo.hku.hk/cgi-bin/emboss.pl?_action=manual&_app=fuzzpro
: submit就可以等结果了
: 另外也可以使用一些支援regular expression的工具 也是蛮适合的
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◆ From: 61.230.91.240
1F：推 HAVEaCAT:好的~ 谢谢你 06/04 21:37