作者hgsfhevil (evil)
看板BioMedInfo
标题Re: [讨论] 预测ESEs的方式
时间Tue Jun 3 17:59:45 2008
※ 引述《realism ()》之铭言：
: 发现大家可能不懂我的意思 跟我朋友要了paper给大家参考:
: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/8/159
: ※ 引述《realism ()》之铭言：
: : 前几天有个朋友问我关於预测ESEs(Exonic Splicing Enhancer)的问题
: : 他说他使用统计的方法来预测 我查了ㄧ下文献 似乎是因为ESE通常很短
: : 要用pattern来预测不是很能够取信於人 所以会加上统计的方式
: : 预测的方式大概是这样:
: : 找出某一个hexamer(已知的几个ESEs)在水稻的exon的频率明显高於intron
: : 并且在exon weak splice site的频率高於在eoxn strong splice site的频率
: : 找出来的hexamer即认定为新的ESEs
: : 但是做出来的结果预测出相对於参考文献 异常高量的ESE
: : 我想了想可能跟物种不同 intron的长度
: : 与多寡有关系 因为这样统计的基本条件就已经不同了
: : 请问该怎麽解决这种差异呢??
大家好,这是我朋友帮我问的,我是做这个题目的人
问题在於预测出来的候选ESE序列数量多
我想要利用已知水稻序列资讯让我了解问题所在
例如:我试着分析,exon,intron 序列核甘酸组成,
已经知道intron AT比率高(0.64),CG比率低(0.36),exon中AT=0.53 cg=0.46
大家可以提供给我一下日本水稻exon,intron明显不一样的资讯吗?
我需要的是这方面的建议,可以帮助我厘清问题所在
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.138.155.220
1F：推 auymle:我不懂的是你要去找exon与intron sequence content的差异 06/03 18:23
2F：→ auymle:然後来推翻说你这个方法不可行吗?? 06/03 18:23
3F：推 huggie:你在本身在做预测方法？然後想知道如何预测更准? 06/03 18:30
4F：推 nightcatman:回一楼 我想他只是要一个参数模版,好套进像HMM之类的 06/03 23:15
5F：→ nightcatman:演算法去training,再拿去预测他真正要做的东西 06/03 23:16
6F：推 nightcatman:看完paper发现是LSVM不是HMM, 不过概念类似都是ML相关 06/03 23:43