作者realism ()
看板BioMedInfo
标题Re: [讨论] 预测ESEs的方式
时间Tue Jun 3 16:42:07 2008
发现大家可能不懂我的意思 跟我朋友要了paper给大家参考:
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/8/159
※ 引述《realism ()》之铭言：
: 前几天有个朋友问我关於预测ESEs(Exonic Splicing Enhancer)的问题
: 他说他使用统计的方法来预测 我查了ㄧ下文献 似乎是因为ESE通常很短
: 要用pattern来预测不是很能够取信於人 所以会加上统计的方式
: 预测的方式大概是这样:
: 找出某一个hexamer(已知的几个ESEs)在水稻的exon的频率明显高於intron
: 并且在exon weak splice site的频率高於在eoxn strong splice site的频率
: 找出来的hexamer即认定为新的ESEs
: 但是做出来的结果预测出相对於参考文献 异常高量的ESE
: 我想了想可能跟物种不同 intron的长度
: 与多寡有关系 因为这样统计的基本条件就已经不同了
: 请问该怎麽解决这种差异呢??
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