作者realism ()
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标题Re: [问题] Construct Phylogenic Tree
时间Tue Jun 3 16:26:47 2008
有点不太懂你讲的 首先我想离清的问题是
你想画的是演化树 还是只是一般multiple sequence alignment出来根据相似程度
所画的tree 前者需要比较严谨的过程(挑选substitution model, etc.)
另外你说的root 是outgroup吗? 挑选outgroup的话
一般是选择与你要画tree的所有sequence距离差不多的sequence来做
算distance的时候比较不会有bias
至於global与local的问题 就是根据你的目的
如果你想看的是两条长度很接近的序列的相似程度 建议用前者
如果只是想找motif 两条序列长度又差异比较大 建议用後者
ps. 小弟浅见 板上演化高手指教吧...
※ 引述《david31408 (希望你没事)》之铭言：
: 我想请教大家一下有关於画亲缘树的问题
: 一般来说是不是都要有一个root???
: 例如我的序列是1984-2007
: 那我需不需要挑两三条1920 1930 1940之类的outlier来当root??
: 还是其实只要一条就够了???
: 另外如果今天要看A 血清型 跟B C血清型(就是画在同一棵树上的话)
: 那我是不是要ABC三种都挑一株当作root? 还是说只要挑个A当root呢???
: 再请问一个align的问题
: 有分global 跟local alignment
: 我要如何选择要global还是local align?
: 还是说global align 好之後 把认为没有对好的地方切下来再align呢??
: 谢谢大家~^^
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◆ From: 140.129.77.13
※ 编辑: realism 来自: 140.129.77.13 (06/03 16:30)
※ 编辑: realism 来自: 140.129.77.13 (06/03 16:31)
1F：推 david31408:前者 恩 我想要的root算是outgroup 06/03 20:37
2F：推 tear2001:也许你可以拿多几条orthologous来试试看 06/03 21:30
3F：→ tear2001:看你要画的tree是在哪一个level....然後提到上一层去找 06/03 21:32
4F：→ tear2001:但假如你是要画Archea, Bacteria, 跟Euca的话...嘿嘿... 06/03 21:32
5F：→ realism:另外我不太了解你描述序列的方式耶?? 06/03 21:47
6F：推 david31408:Virus 06/03 22:04