首先 这系列文章在阅读之前 在下有先假设几个前提 如果您发现你对下列的前题有点困惑的 您依然可以看下去 只是可能会有些地方不太了解 希望各位多多包涵 假设一、您已经知道蛋白质的3D结构资讯要从哪边获得 假设二、不一定会写程式但是至少知道甚麽是程式 假设三、对蛋白质的一到四级结构 20个胺基酸 有粗浅的认识 假设四、视力正常 不管事矫正前还是矫正後 OK 以下开始进入正文 ---------------------------------------------------------------------------- 对刚进入生医资讯这部分领域的人而言，如果你想走跟蛋白质有关的研究 一定有一天会遇到分析蛋白质结构问题，甚至正确来说，结构就像是一面巨大的墙 如果善用他 他可以使你的研究往上爬得更高 但是如果忽略他 可能你的研究就是架构在空中的楼阁般没有说服力 假设今天你要分析一个蛋白质 而他有3D结构 那最重要的第一件事 就是看 用眼睛看 用眼睛分析 用你本人的对生物的Domain Knowledge 做最初步的分析 (以上是台湾生物资讯协会某任会长说的) 这个时候 你就需要一个很好的结构显像工具 目前为止台面上的相关工具大概是多如牛毛 从RasMol,VMD,Swiss-PDBviewer, Chime, Cn3D都各有各的优缺点 论观察分子动态 分子模拟 VMD的强大功能是做适合的 Rasmol古老 但是基本 很多老师都是从这个入少 简单不吃资源 Swiss的介面以及一些简单的选项设计可以让人直接用点点点来做事 Chime真的很美很漂亮 Cn3D 是做Docking的首选 如果考虑的网路显像工具以及一些具有同样功能的软体就更五花八门了 PS. Matlab里面也有一套可以做分子显像的工具 那既然如此 我为何要学pymol? 因为站在我的经验上 我认为他是一个很平衡的工具 他可以拨放分子动态 这点 除了VMD外没人可比 他够漂亮 含OpenGL 这点大胜其他的相关工具 他内含一组简单的程式 你可以像EXCEL的巨集一样编写自己的script 他用python写的 很多都是直译程式档 你可以试着更改 创造属於自己的pymol 他内部的功能完整 基本上你需要的他都有 他甚至内含一个小小的分子模拟功能 让你可以做简单的Docking 故考虑到初学者的话 Pymol是很适合拿来做入门的软体 先看这个网页 http://delsci.com/rel/099/ 你可以从这里下载他的0.99版 1.0版以後要收钱 不过听说买的不是很多 我不想要她倒 所以我就买了 网页里面有说明文件 讲得很详细 绝对比我用文字叙述好 所以我只讲几个简单的注意事项 ------先写到这里 休息一下 --

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