※ [本文转录自 Python 看板] 作者: huggie (huggie) 看板: Python 标题: Re: [连署]请大家帮忙喔 ^^ 时间: Tue Jun 3 00:11:02 2008 : 推 Arton0306:请问python适合生物资讯的地方在哪@@ 06/02 18:39 : 推 revivalworld:因为"python"是大蟒蛇 是唯一以生物命名且人气够的 06/02 19:26 : → revivalworld:程式语言 所以适合拿来做生物资讯XD 06/02 19:27 : 推 huggie:楼上正解！ 06/02 23:23 大致上所有的 scripting language 都很适合做 bioinformatics 当然也有许多用途是 Java 比较适合的，可是大部分的 Bioinformatics 工作是 quick and dirty 的，撰写个小小没有几行的程式来处理 DNA/RNA/Protein 序列的问题。基本上就是许多工作就是字串处理， parsing 资料，资料库存取等。因此只要是语法简单，不累赘，都很适合 生物资讯使用。另外当然也有大型的 application，或者是图形介面等， 当然就有其他的工具比较适合。当然我觉得 Python 也蛮适合大型程式的， 不过 GUI 可能就辛苦点。 要讲 Python 是否适合生资，就要讲它最主要的对手。传统上因为早期 Perl regular expression 好用，生物资讯大部分的工作都使用 Perl。 当然 Perl 的缺点逛这个板的许多人也有经验了，易出错、奇怪的 OO model、语法非常不 orthogonal 因此较不易学/记得、写的人常常没意 识到他的程式非跨平台、legacy syntax 很多人在用等。讲起来很多也 不完全是这语言的错，只是整个用的人，使用的方式，环绕他的文化等 (例如过度鼓励 Regular Expression -- 错误的使用瑞士刀)。 今天也不是只有 Perl 有成熟的 regular expression 。但是使用语言 不只是语法的问题。但是跟任何商业市场一样，一旦已经出现一个老大 ，老二要推翻老大也不是那麽的容易。使用一个程式不是它的语法而已 ，许多程式已经是 Perl，生资相关套件就属 Perl 最为完整 (BioPerl)， documentation 也最详尽。有些资料库只提供 Perl API 例如 ensembl.org，相对的，你要使用其他语言就会吃点亏。 当然，我不会因为这些缺点就停止使用 Python ，毕竟她是我最爱的语 言。 I'm deeply in love with her. 对於已经懂得 Python 想要跨入 这个领域的人来说，个人认为也没有必要放弃 Python 。至於不会程式 的人来说，就不一定要考虑 Python 了。在一般科学领域来说，Python 是很吃香的，Scipy + numpy 非常强大（这我不会，也就是为何想 去 PycTW2008 取经的原因，无奈额满了）， 物理领域用得蛮多的， chemical informatics 好像也是 (http://tinyurl.com/52dyuh )，网 路上也有看过有人提倡放弃 Matlab 改用 Python，总之觉得在生资 Python 相对不盛行是很可惜的。 如果有人想看看生资上面 Python 的应用，可以去 python.org 首页右 下角 Bioinformatics 的连结： http://www.pasteur.fr/recherche/unites/sis/formation/python/index.html 这是小弟上去做网页的 bug report 建议的连结，python.org 原本连结 的是 http://www.onlamp.com/pub/a/python/2002/10/17/biopython.html Python 的套件： http://biopython.org 最後欢迎莅临 BioMedInfo 板，开张了！啊如果有人想替 Python 在生 资方面贡献一份心力的话也可以来写写套件吧！XD --

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