作者realism ()
看板BioMedInfo
标题[讨论] 预测ESEs的方式
时间Mon Jun 2 11:11:59 2008
前几天有个朋友问我关於预测ESEs(Exonic Splicing Enhancer)的问题
他说他使用统计的方法来预测 我查了ㄧ下文献 似乎是因为ESE通常很短
要用pattern来预测不是很能够取信於人 所以会加上统计的方式
预测的方式大概是这样:
找出某一个hexamer(已知的几个ESEs)在水稻的exon的频率明显高於intron
并且在exon weak splice site的频率高於在eoxn strong splice site的频率
找出来的hexamer即认定为新的ESEs
但是做出来的结果预测出相对於参考文献 异常高量的ESE
我想了想可能跟物种不同 intron的长度
与多寡有关系 因为这样统计的基本条件就已经不同了
请问该怎麽解决这种差异呢??
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