※ 引述《hajimels (阿一)》之铭言： : ※ 引述《hajimels (阿一)》之铭言： : : 其余恕删 : : 以我个人的经验 以Ensembl API或Biomart(前面请大家搜AID的文章有题到） : : 从Ensembl database抓sequence时，TSS就那麽一个而己欧(TSS为0) : : 再往前推upstream为promoter region : : 若有其他需求（例如考虑在不同transcipts的promoter region的TF的调控） : : 就会考虑要抓ATG起启位置为0来推upstream及downstream : : TSS的定义就是 : : the transcriptional start site (TSS): : : transcription of RNA begins for a particular gene : : 那TSS为0和ATG为0来推其promoter region有何不同？ : : 若以TSS为0的话，它的downstream会包含有5'-UTR : : 若以ATG，即找出ORF并以这个为0的话，那你反而是推其upstream会包含5'-UTR : : 哪个好，就得看需求是什麽来决定了 : : 不知道这样有没有回答到？＠＠ : : 有错请指正谢谢！ : 在此回覆一下huggie兄的问题 （另外有些是我们私下讨论的 也一并写上） : huggie兄提到promoter region会不会包到intron呢？ : 在以下情况是会的 : 假设Gene A他有2种不同的transcripts I and II : I是由exon1转录而II是exon2转录 : 那当我们以exon2的atg为启始位置时 : 前推upstream为promoter region时，intron便在里面了 : 位置关系可以想成这样 : TSS ＿＿＿＿ ＿＿＿＿ : ｜–––––∣Exon 1∣–––––｜Exon 2｜–––––– : 5'-UTR ￣￣￣￣ Intron 1 ￣￣￣￣ Intron 2 : promter region可以自己定义要从哪回推 : 就看你想要探讨的问题是什麽 只是考虑到不同transcripts的atg很麻烦 : 大部分的paper都直接以TSS为0回推promoter region 之前auymle有提到 'ORF的起始位置不代表TSS, 所以ORF是用来预测可能的protein coding region, 而不是用来预测TSS的' 我想这也就是我大部分文献找TSS都用预测 Promoter来做 还有人想到可以用别的方法做吗? 另外我补充ㄧ下上述intron的问题 hajimels讲的是指AS(alternative splicing)的 状况 但我想promotor也有分成proximal与distal 如果後者 也有机会使exon1的 promoter落在intron --

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