作者hajimels (阿一)
看板BioMedInfo
标题Re: [问题] 请问如何去找基因的promoter region? ꐠ…
时间Sun Jun 1 22:51:39 2008
※ [本文转录自 Biology 看板]
作者: hajimels (阿一) 看板: Biology
标题: Re: [问题] 请问如何去找基因的promoter region? ꐠ…
时间: Mon Mar 10 23:52:29 2008
※ 引述《oboe1981 (toxic)》之铭言：
※ 引述《teddybear209 (慧慧林)》之铭言：
: 【问题】■虷韫h找基因的promoter region? 又如何去找其上面可能的transcriptio factor?
: 谢谢
: 【问题起因】：
: 【个人看法】：
(1)genomic walking
(2)EMSA or Gel shift
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◆ From: 118.170.13.225
1F：推 BUSTARD:chromosome walking 不是多应用在定序吗??? 03/10 23:17
chromosome walking可以找出candidate position of gene
如果透过walking找出基因的位置 再透过序列分析找出transcriptional start site
或推出第一个ATG 反推upstream应该就可以找出upstream
2F：推 BUSTARD:我想应该可以用basal transcription factor 去跟DNA 03/10 23:20
3F：→ BUSTARD:作DNA-protein interaction的实验 03/10 23:20
假设你今天己经你要分析的gene为known的
小弟则建议您可以先用生物资讯方法 来看看有哪些putative的 TFBS
找到後可以再用前面2位板友提供的方法加以验证
另外ChIP应该也可以拉 但我觉得你要先知道putative的TFBS比较好去做
那生资工具要怎麽用呢?
1. 先找到你的基因的gene symbol (利用
http://www.genecards.org 可以找到)
2. 到Biomart (
http://www.biomart.org)
3. 先选上方黄色bar的 "MartView"
3-1. 先决定你的dataset
以人类为例: Ensembl 48 gene -> H.Sapiens genes NCBI36
3-2. 左方filters 点一下 -> 右方选 "Gene" -> 将 ID list limit打勾
-> 接着填入你的gene id 切记要去选你的id为什麽样的格式!
3-3. 再来点左方的 Attributes -> 右方选sequence -> 下方的sequence选
flank gene (TSS为0) or flank coding gene (第一个atg为0) ->
再勾upstream 填入你想看几个bp
3-3-1. head information 为fasta格式中 ">" 後的注解
e.g. >Gene A|Esemblid=XXXXX|XXXXXX <-此行为注解
atactatacgatttcccgggaatt
3-4. 再按右上方黑色的result
3-5. 恭喜你就顺利取得该gene的upstream sequence了
4. 到
http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
在中间 Search DNA for Binding Sites 右方填入你的sequence
p.s. 若你有填email他分析好会寄信跟你说分析好了
5. 接着TFBS资料的判读可能你要自己看一下说明 我这边不太方便一次讲完QQ
以上个人浅见 请多指教罗 实验的认知有错也请见谅...因为我是待dry-lab的...
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★ミ ζ
○_.
/(╯
【今晚的天空有一颗流星划过 在预言着什麽】|>
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◆ From: 163.25.118.137
※ hajimels:转录至看板 Biotech 03/10 23:54
4F：推 teddybear209:谢谢 03/11 12:46
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◆ From: 163.25.118.137
5F：→ hajimels:这我之前在其他板回的 我想对找tss也有帮助 06/01 22:52
6F：→ acme970:DNA footprinting 06/02 03:05