※ 引述《Shilia (us, together)》之铭言： : 标题: Re: [新闻] 研究造假 一句「资料丢了」就卸责？ : PCR 反应中，镁离子的作用主要是 dNTP-Mg 与核酸骨架相互作用，并且催化聚合酶。 : 看图比较容易懂: http://www.jbc.org/content/274/25/17395/F3.expansion.html : : 详细版的聚合酶作用步骤可以参考 Critical role of magnesium ions in DNA : polymerase beta's closing and active site assembly 这篇 2004 年 paper 的最 : 末段 ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15238001 )，就可以看到 PCR 反应 : 过程为什麽缓冲液中一定要有镁离子（浓度一般会在 0.5-5mM 之间。<1.5mM 产量会 : 降低，>2.5mM 会开始出现 nonspecific 的结果，>10mM 会抑制聚合酶作用。) ..... : involving subtle residue motions; (8) release of the product PPi/Mg2+ : unit. Steps 1 and 2 may be interchangeable depending on which Mg2+ first : binds to the polymerase/DNA active site. ..... : Mismatched and matched dNTP incorporation by DNA polymerase beta proceed : via analogous kinetic pathways 第 11 图: http://goo.gl/DaoVF1 : : 所以我个人对 Fig.S7 将 10mM 的镁离子稀释 10**6 倍後才会出现的量测图形的看法， ..... : 老师您如果很喜欢这个定序概念，请看一下 Nature Nanotechnology 在 2007 年就已 : 出刊的 Sequence-specific detection of individual DNA polymerase complexes : in real time using a nanopore. UC Santa Cruz 这团队用同样的技术一直持续产出 : paper，到现在。 ========= 先谢谢 Shilia 的热心指导, Mg+参与配对合成, 最後是随 PPi 而离开. 对於交大的这项研究, 个人有个看法: 可以参考 Nanopores as protein sensors Stefan Howorka & Zuzanna S Siwy 对 nanopore 的报导, 这文章提到在奈米孔周围蒸着一层金可透过 protein A 吸附 igG anti-body. 这跟交大所用的 FET 蛋白质电晶体技术是一样的, 就是透过igG 可抓住各种不同的 大颗粒蛋白质. 交大的方法是用 igG 抓住 Fi29 polymerase , 与 nanopore 不同的是交大是量测 Fi29 polymerase 在合成双股时的电导电流. 个人认为要做这个测试实验是可以透过买进一套 oxford nanopore 的 minION 套 件就能利用其上的 量测电路改接到 FET 的源汲级 就可以用现成的设备量测出同数 量级的电导电流. 大陆有一篇 "纳米孔分析化学" 的特约邀稿文章也已发现利用igG 登在 2013 5月 的 Chinese Journal of Analytical Chemistry 若是使用 oxford nanopore 的成品道具改装, 利用其现成量测设备及道具, 您说这 论文的量测细节可以公开写出来吗? 尤其是想申请发明专利者的看法会如何? : 推 EagleSoul: Mark Akeson group 在这field做的很早也很猛 11/22 00:33 : → MasterChang: g大是资工背景的....讲那麽专业他懂吗？ 11/22 00:50 : 推 tainanuser: 推! 11/22 13:19 : → Shilia: M大：想要跟对岸一样做出自己的次世代定序平台，本来就需 11/23 21:19 : → Shilia: 要懂硬体极限和软体可以如何补强的人啊 11/23 21:20 : 推 lingon: 中国的平台...? 主要还是靠买CG的技术吧, 好像还没看到 11/24 05:23 : → lingon: 任何可以期待的平台 11/24 05:24 : → Shilia: http://goo.gl/WRosDJ [Bio-IT World] China Introduces 11/24 17:23 : → Shilia: Its Own Sequencer (May 29, 2014) 11/24 17:23 : 推 jabari: 对岸请不期不待.. 开发是SOAP的作者群都消失了 一整个问号 11/24 18:02 : → Shilia: 台湾严重的内斗才真令人不期不待吧 11/24 18:09 =========== 我不是做这行的, 但清楚可能会碰到的量测难题. 若利用已有的成品, 改用 不同的策略可避开单股DNA在解开时移动太快, 量测反应不及, 且电极必须很 小很尖才能针对个别的ATCG量测. 如今换个方向改测合成双股时的 Fi29 polymerase 电导, 若能控制合成的速率, 配合量测道具就能有新发明. 显然, 整套的仪器设备投资怎能跟"因粮於敌"利用对方道具为我所用相比? 只 是在道貌岸然的学术界, 这招招式是有口难言啊!!! 回纹针的发明是简单而伟大. 但一个落後连炼钢都没有的国家, 如果连大头针 都做不出来, 能随手捏根硬大头针做出有弹性的小巧回纹针吗? 想做高附加价值的高科技产品, 譬如能把现有核分裂原子弹加上一个聚压装置 及适量的Li-6组成一个核融合的氢弹吗? 懂原理还是要有材料与道具及动手去 做. 没有动手做累积来的基础, 没有核分裂弹的协助, 要直接超英赶美造氢弹 谈何容易? 在没有够多的经费买来道具, 最後还是希望找出途径做成最终堪用的有价值产 品, 依然是很重要的事. 一个小又穷又落後的地区, 造一堆随英美猛发P, 光说 不练又造不出有价值成品的土博士, 最终流浪街头是又能如何? ※ 编辑: ggg12345 (114.43.236.204), 11/27/2014 12:57:05