作者Shilia (us, together)
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标题Re: [新闻] 研究造假 一句「资料丢了」就卸责?
时间Wed Nov 19 02:46:45 2014
: 图示里有两段奇怪的地方, 就是图2-set1 出现杂讯由高降低的变化.
: 另一个就是注入 dNTPs 後 由图2-set2 约30分钟後 变成 图2-set3 的变化.
老师,次世代定序平台中,Roche 454 搭配的 nucleotide substrate 同样是 dNTPs.
Roche 是我的 sponsor 所以之前这部份是有念过一些文献,比方说有国图帐号的可以
参考 DNA Polymerases: Discovery, Characterization and Functions in Cellular
DNA Transactions (2010) 这本书第 61 页:
2.2 The DNA Polymerase Reaction
(……)
DNA pols incorporate a base by the following five-step-mechanism: first,
a correct hydrogen bonding between the incoming dNTP and the tempting
base is established (A to T and G to C and vice versa); second, water is
excluded from the active site; third, the geometric selection in the
active site takes place; fourth, the dNTP binding affinity leads to an
induced conformational change in the active site and fifth, the
phosphodiester bonds is formed between the last base of the primer and
the new nucleotide by the release of pyrophosphate.
第 62 页有图示说明,搭配着看会比较容易理解这个反应过程。
没有国图帐号看不到图的话也没关系,Illumina 今年也有一篇 DNA polymerases
drive DNA sequencing-by-synthesis technologies: both past and present,PMC
上可看到全文
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4068291/
Illumina 这 review 不只有类似的图片说明,APPLICATIONS OF DNA POLYMERASE FOR
EMERGING SEQUENCING TECHNOLOGIES 那段的结尾:
Besides the nanopore-based sequencing approach, a protein, transistor-based
sequencing method, leveraging electrical conductance measurement of 29 DNA
polymerase reactions has been reported (Chen et al., 2013b). Unfortunately,
this study is currently called into question, and the merits of this
particular method must be reevaluated (Chen et al., 2013b).
最後附上一篇 Duke 的 "室温" 实验报告—
[Nano Lett. 2008] A DNA Nanotransport Device Powered by Polymerase 29
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/nl802294d
就是这样才对科技部袒护交大那非常勇健根本就外星来的聚合酶实验报告非常愤怒啊
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 180.218.166.23
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※ 编辑: Shilia (180.218.166.23), 11/19/2014 02:50:09
1F:→ guare: 抱歉,我程度太差,完全不懂你在说什麽。 11/19 14:42
2F:推 jabari: 454定序跟solid等2代定序不太一样..他的read很长 比较接 11/19 14:52
3F:→ jabari: 近传统pcr定序 各有优缺点啦 11/19 14:52
4F:推 jabari: 反正交大这个是超时空定序 也不需讲究太多了 XD 听说有出 11/19 14:54
5F:→ jabari: 来说 他们两步是分开 不然的话 我对这个超低温工作的pol 11/19 14:54
6F:→ jabari: 更有兴趣 XD 11/19 14:54
7F:→ Shilia: 之前在做新颖临床基因型监定方式开发的时候,因为就只有我 11/19 17:06
8F:→ Shilia: 一个人在做呀,我也不会养细胞,所以是选 PCR 和 NGS 那条 11/19 17:07
9F:→ Shilia: 路去走,因为靠我自己一个很显然生不出啥厉害的聚合酶。 11/19 17:08
10F:→ Shilia: Roche 有知道这件事,他们也很高兴有人还愿意继续帮忙改良 11/19 17:09
11F:→ Shilia: 原本在 2016 年就要停产的 454 的定序技术 (对岸倒是真的 11/19 17:09
12F:→ Shilia: 用类似的原理做了自己的次世代定序平台) 11/19 17:10
13F:→ Shilia: 如果真做成的话,应该就可以让第三世界国家或是比较贫困的 11/19 17:12
14F:→ Shilia: 乡村也有办法快速进行传染病原检测,因为 454 用来做这算 11/19 17:13
15F:→ Shilia: 很 OK,只是试剂实在太贵了。这样就从市场上消失很可惜, 11/19 17:14
16F:→ Shilia: 因为这样的平台和技术如果能让资源少的第三世界国家拥有, 11/19 17:15
17F:→ Shilia: 他们应该更能在基因体医学领域做出自己很有创意的贡献和突 11/19 17:16
18F:→ Shilia: 破 ← 我会做出这种东西,因为那间实验室就是要什麽没什麽 11/19 17:17
19F:→ Shilia: 啊.. 非常符合 "资源有限国家" 的实验室样子 11/19 17:17
20F:→ Shilia: 不过聚合酶的专利和原生菌种的代谢途径是真的超乎我想像的 11/19 17:20
21F:→ Shilia: 有趣就是了。跟以前当学生念书念的那些完全不一样.. 11/19 17:21
22F:→ Shilia: 一楼:我很生气的点是全世界第一支 PCR 用的聚合酶,那是台 11/19 19:04
24F:→ Shilia: 世譁然的根本就外星来的聚合酶的实验结果.. 以後就不能去 11/19 19:07
25F:→ Shilia: 跟 PCR 大厂讲说 "聚合酶是台湾的骄傲" 啦... !@#$% 11/19 19:08
26F:推 ggg12345: Illumina的那篇文章里提到ATCG合成时,也可能出错,聚合酶 11/20 21:27
27F:→ ggg12345: 会改正解开,交大的实验是因为Mg稀释到很低,所以不发生这 11/20 21:35
28F:→ ggg12345: 种过度快速反应,所以没量出错配再解开的导电波形吗? 11/20 21:37
29F:推 jabari: Pol会不会作错跟他心情有关..改正跟Klenow有关 Mg只是动力 11/21 00:12
30F:推 ggg12345: 请问那个Mg最後跑到那去了?是否有其他代用品? 11/21 02:26
31F:→ tainanuser: 推! 11/22 13:20